Neutraali reitti on yksi pelin monista reiteistä, ja voidaan saavuttaa kun pelaaja ystävästyy joidenkin hirviöiden kanssa, mutta myös tappaa joitain hirviöitä. Neutraalin reitin lopussa Sans jättää sinulle viestin, jossa hän kertoo miten Alamaailmassa menee. Tämä viesti vaihtelee sen mukaan, kenet sinä tapoit. Esimerkiksi jos armahdat Undynen, mutta et mene treffeille hänen kanssaan, Sans sanoo viestissään, että Undyne aikoo päästä maanpäälle, ja tappaa jokaisen ihmisen. Jos taas armahdat Torielin, Sans kertoo, että Toriel eli "kuningatar" on jälleen ottanut vallan, ja päättänyt että jokaista Alamaailmaan pudonnutta ihmistä kohdellaan ystävänä vihollisen sijaan. Jos taas nämä kummatkin on armahdettu, Sans sanoo että Torielista tuli kuningatar, ja asettaa ylläolevan lain voimaan, jonka jälkeen Undyne aloittaa kapinan. Tässä on vain osa useista mahdollisista lopputuloksista, mutta kaikki Neutraalin reitin erilaiset lopetukset ovat loppuen lopuksi melko samanlaisia.